電泳緩沖液是核酸、蛋白質凝膠電泳系統的一個重要組成， 是電泳場中的導體，也是維持電泳系統恒定 pH值的必要條件。常見的核酸電泳緩沖液有:TAE、TBE、TPE和MOPS等。

電泳緩沖液的特點：
1.TAE是使用廣泛的緩沖系統。其特點是超螺旋在其中電泳時更符合實際相對分子質量(TBE中電泳時測出的相對分子質量會大于實際分子質量)，且雙鏈線狀DNA在其中的遷移率較其他兩種緩沖液快約10%，電泳大于13kb的片段時用TAE緩沖液將取得更好的分離效果，此外，回收DNA片段時也易用TAE緩沖系統進行電泳。TAE的缺點是緩沖容量小，長時間電泳(如過夜)不可選用，除非有循環裝置使兩極的緩沖液得到交換。

2.TBE的特點是緩沖能力強，長時間電泳時可選用TBE，并且當用于電泳小于1kb的片段時分離效果更好。TBE用于瓊脂糖凝膠時易造成高電滲作用，并且因與瓊脂糖相互作用生成非共價結合的四羥基硼/酸鹽復合物而使DNA片段的回收率降低，所以不宜在回收電泳中使用。

3.TPE的緩沖能力也較強，但由于磷酸鹽易在乙醇沉淀過程中析出，所以也不宜在回收DNA片段的電泳中使用。