1、預處理
新超濾管：使用前用純水浸泡，冰箱預冷10 min。然后將水倒出，置于冰上預冷2-5 min，加樣。
舊超濾管：倒出管內的乙醇浸泡液，用純水沖洗干凈10遍（注意水流速盡量平緩，防止沖破濾膜），置于冰上預冷2-5 min，加樣。

2、加樣
如超濾管中有少許殘留水可將超濾管內管倒置1000×g離心1 min，移液槍移取適量樣本加入超濾管中。

3、離心
配平，12000 ×g離心（15-30 min），等達到目的轉速后方可離開。

4、樣本收集 
外管濾液為除去部分蛋白的樣本上清，如需取濃縮后樣本用于其他實驗，則另取外管，內管倒置，1000×g離心1-2 min。

5、超濾管清洗
使用完的超濾管用純水反復清洗5次，再用75%乙醇沖洗3次。