無性繁殖（asexual reproduction）是指營養體不經過核配和減數分裂產生后代個體的繁殖。它的基本特征是營養繁殖通常直接由菌絲分化產生無性孢子。常見的無性孢子有三種類型： 

（1）游動孢子（zoospore）：形成于游動孢子囊（zoosporangium）內。游動孢子囊由菌絲或孢囊梗頂端膨大而成。游動孢子無細胞壁，具1-2根鞭毛，釋放后能在水中游動。

（2）孢囊孢子（sporangiospore）：形成于孢囊孢子囊（sporangium）內。孢子囊由孢囊梗的頂端膨大而成。孢囊孢子有細胞壁，水生型有鞭毛，釋放后可隨風飛散。

（3）分生孢子（conidium）產生于由菌絲分化而形成的分生孢子梗（conidiophore）上，頂生、側生或串生，形狀、大小多種多樣，單胞或多胞，無色或有色，成熟后從孢子梗上脫落。有些真菌的分生孢子和分生孢子梗還著生在分生孢子果內。孢子果主要有兩種類型，即近球形的具孔口的分生孢子器（pycnidium）和杯狀或盤狀的分生孢子盤（acervulus）

真菌生長發育到一定時期（一般到后期）就進行有性生殖（sexual reproduction）。有性生殖是經過兩個性細胞結合后細胞核產生減數分裂產生孢子的繁殖方式。多數真菌由菌絲分化產生性器官即配子囊（gametangium），通過雌、雄配子囊結合形成有性孢子。其整個過程可分為質配（plasmogamy）、核配（karyogamy）和減數分裂（meiosis）三個階段。

第一階段：質配階段，即經過兩個性細胞的融合，兩者的細胞質和細胞核（N）合并在同一細胞中，形成雙核期（N+N）。

第二階段：核配階段，就是在融合的細胞內兩個單倍體（haploid）的細胞核結合成一個雙倍體的核（2N）。

第三階段：減數分裂階段，雙倍體（diploid）細胞核經過兩次連續的分裂，形成四個單倍體的核（N），從而回到原來的單倍體階段。經過有性生殖，真菌可產生四種類型的有性孢子。

（1）卵孢子（oospore）：卵菌的有性孢子。是由兩個異型配子囊——雄器和藏卵器接觸后，雄器的細胞質和細胞核經授精管進入藏卵器，與卵球核配，最后受精的卵球發育成厚壁的、雙倍體的卵孢子。

（2）接合孢子（zygospore）：接合菌的有性孢子。是由兩個配子囊以配子囊結合的方式融合成1個細胞，并在這個細胞中進行質配和核配后形成的厚壁孢子。

（3）子囊孢子（ascospore）：子囊菌的有性孢子。通常是由兩個異型配子囊——雄器和產囊體相結合，經質配、核配和減數分裂而形成的單倍體孢子。子囊孢子著生在無色透明、棒狀或卵圓形的囊狀結構即子囊（ascus）內。每個子囊中一般形成8個子囊孢子。子囊通常產生在具包被的子囊果內。子囊果一般有四種類型，即球狀而無孔口的閉囊殼（cletothecium），瓶狀或球狀且有真正殼壁和固定孔口的子囊殼（perithecium），由于座溶解而成的、無真正殼壁和固定孔口的子囊腔（locule），以及盤狀或杯狀的子囊盤（apothecium）。

（4）擔孢子（basidiospore）：擔子菌的有性孢子。通常是直接由“+"、“-"菌絲結合形成雙核菌絲，以后雙核菌絲的頂端細胞膨大成棒狀的擔子（basidium）。在擔子內的雙核經過核配和減數分裂，最后在擔子上產生4個外生的單倍體的擔孢子。

此外，有些低等真菌如根腫菌和壺菌產生的有性孢子是一種由游動配子結合成合子，再由合子發育而成的厚壁的休眠孢子（restingspore）。 

壺菌門（Chytridiomycota）壺菌門是游動細胞具有“9+2"結構的鞭毛，并能在水中游動的一類真菌，游動孢子具有一根后生尾鞭式鞭毛。 

接合菌門（Zygomycota）是由低等的水生真菌發展到陸生種類，由游動的帶鞭毛的孢囊孢子發展為不游動的孢囊孢子——靜孢子或單孢孢子囊的分生孢子。 

子囊菌門（Ascomycota）是真菌中最大的類群他與擔子菌被稱為高等真菌，生殖菌絲細胞出現較短雙核階段，其區別于其他真菌的一個特征是產生子囊。 

擔子菌門（Basidiomycota）是一類高等真菌，構成雙核亞界，包含2萬多種，包括蘑菇、木耳等主要食用菌。更具體地說，擔子菌門包括以下組：蘑菇，馬勃，stinkhorns（鬼筆科），支架真菌，和人體致病酵母隱球菌屬等等。

半知菌類（Deuteromycota）是一種已廢止的生物分類，指在子囊菌、擔子菌的同伴之中，還未發現有性繁殖階段而在分類學上位置不明的一種臨時分類。只進行無性繁殖的菌類被稱作不*型，這一階段被稱為無性階段。進行有性繁殖的被稱為*型，該階段被稱作有性階段，通常有性階段的菌類也是同時進行無性生殖的。